Die Stelle im Überblick
Im Rahmen Ihrer Tätigkeit leisten sie einen wichtigen Beitrag zur Nutzbarmachung medizinischer Routinedaten für die Krebsforschung. Ihr Aufgabengebiet umfasst insbesondere:
1. Entwicklung & Betrieb von ETL‑Pipelines in Python (Pandas, Pydantic, FastAPI u.Ä.) zur Verarbeitung klinischer und genomischer Daten
2. Betreuung von Multi‑Workflow‑Systemen auf HPC‑Infrastruktur (SLURM) für groß‑skalierte Datenübertragungen in den Bereichen Onkologie und seltene Erkrankungen
3. Monitoring & Reporting der Pipeline‑Ergebnisse: wöchentliche Kontrolle der Fall‑Readiness, Identifikation von Datenqualitätsproblemen, fehlenden Datensätzen und Engpässen
4. Technische Verantwortung für das Dokumentationssystem des Molekularen Tumor Boards: Konfiguration, Updates, Fehlersuche und Koordination mit Anbieter und klinischen Anwendern
5. Entwicklung von Anonymisierungs‑ und Pseudonymisierungs‑Workflows für Forschungsprojekte im Bereich der personalisierten Medizin
Danach suchen wir
6. Erfolgreich abgeschlossenes Studium (Master oder Diplom) der Informatik oder einer vergleichbaren Fachrichtung (z.B. Medizininformatik oder Bioinformatik) bzw. vergleich- und belegbare Erfahrungen notwendig
7. Sehr gute Python‑Kenntnisse (Erfahrung mit Pandas, Pydantic, FastAPI oder vergleichbaren Frameworks) notwendig
8. Sicherer Umgang mit Linux/HPC‑Umgebungen und Job‑Scheduler SLURM
9. Nachweisbare Erfahrung in der Erstellung gut strukturierter und dokumentierter Quellcodes; gute Kenntnisse in Git sind erforderlich
10. Kenntnisse über wichtige Standards der Tumordokumentation wie Health Level 7 (HL7), der onkologischen Basisdokumentation sowie klinischer Studiendatenbanken wünschenswert
11. Verhandlungssichere Kommunikationsfähigkeiten in Deutsch notwendig, gute Englischkenntnisse von Vorteil
12. Selbstständige, zuverlässige und effiziente Arbeitsweise
Das bringt die Charité mit
13. Eine hoch professionelle Zusammenarbeit in einem motivierten und interdisziplinären Team
14. Eine zukunftsorientierte, abwechslungsreiche und anspruchsvolle Tätigkeit mit hoher Eigenverantwortung und persönlichem Handlungsspielraum
15. Umfangreiche kostenfreie Fort- und Weiterbildungsmöglichkeiten bis hin zum Studium
16. Eine zusätzliche Absicherung im Alter durch unsere betriebliche Altersvorsorge
17. Seit 2007 zertifiziert als familiengerechte Hochschule und familiengerechtes Unternehmen - Weitere Informationen finden Sie