Die Stelle im Überblick
1. Etablierung und Weiterentwicklung einer multimodalen Analysepipeline für Metabolic Imaging Mass Cytometry (IMC / mIMC) und Spatial Transcriptomics (10x Xenium 5K)
2. Integration und Analyse multimodaler Datensätze (Protein + Transkriptom + Spatial Data)
3. Bioinformatische Auswertung (z. B. R-basierte Pipelines, SingleCell-Analysen, Integrationsmethoden)
4. Analyse von Zell-Zell-Interaktionen und molekularen Netzwerken bei fistulierendem Morbus Crohn
5. Mitarbeit an der Etablierung und Analyse humaner intestinaler Assembloide
6. Funktionelle Validierung identifizierter molekularer Kandidaten
7. Unterstützung bei der Gewinnung, Aufarbeitung und Dokumentation von Patientenproben (Biopsien, Resektate)
8. Enge Zusammenarbeit mit klinischen Partnern, Core Facilities und Bioinformatik
9. Präsentation der Ergebnisse auf Konferenzen und in Lab-Meetings
10. Verfassen wissenschaftlicher Publikationen
11. Wissenschaftlichen Mitarbeitenden wird nach § 110 (4), Satz 3 BerlHG eine angemessene Zeit innerhalb der Arbeitszeit für die eigene wissenschaftliche Weiterqualifikation zur Verfügung gestellt
Danach suchen wir
12. Abgeschlossenes Masterstudium in Biologie, Biotechnologie, Bioinformatik oder verwandten Lebenswissenschaften
13. Interesse an translationaler Forschung und humanen Krankheitsmodellen
14. Erfahrungen in Einzelzell- oder Spatial-Omics, Bioinformatik / Datenanalyse (R, Python), Zellkultur / Organoide / Assembloids oder Immunologie / Molekularbiologie vorteilhaft
15. Motivation, eigenständig und im Team zu arbeiten
16. Strukturierte und sorgfältige Arbeitsweise
17. Sehr gute Englischkenntnisse
Das bringt die Charité mit
18. Mitarbeit in einem innovativen, translationalen Forschungsprojekt mit hoher klinischer Relevanz
19. Zugang zu einzigartigen Patientenkohorten und Biobank-Daten
20. Ausbildung an modernsten Technologien (Spatial Omics, Multi-Modal Data Integration)
21. Möglichkeit zur wissenschaftlichen Weiterentwicklung und Publikation in hochrangigen Journals
22. Einbindung in strukturierte Graduiertenprogramme