Das Leibniz-Institut für Neurobiologie (LIN) Magdeburg ist eine außeruniversitäre Forschungseinrichtung an der die neurobiologischen Mechanismen von Lernen und Gedächtnis erforscht werden. Mit einem breiten Spektrum an molekularbiologischer, tier- und humanexperimenteller Forschung und entsprechender Forschungs-infrastruktur bildet das LIN einen der Eckpfeiler der neurowissenschaftlichen Forschung in Magdeburg und der Leibniz-Gemeinschaft. Mit 250 Beschäftigten arbeiten wir national und international mit Universitäten, Forschungseinrichtungen und Unternehmen zusammen.
Die Arbeitsgruppe am Leibniz Institute für Neurobiologie in Magdeburg untersucht, wie Schlaf, Stress und sensorische Verarbeitung neuronale Schaltkreise im Gehirn verändern. Dabei nutzen wir larvale Zebrafische und Mäuse als Modellorganismus und kombinieren Verhaltensexperimente mit großskaliger in vivo Zwei-Photonen-Calcium-Bildgebung des gesamten Gehirns.
Ein zentraler Bestandteil unserer Forschung ist der offene neuroanatomische Referenzatlas Z-BRAIN, der als standardisierte Referenz für die Zebrafisch-Neurobiologie dient.
Zur Unterstützung unserer Arbeiten suchen wir eine motivierte Persönlichkeit mit starkem Hintergrund in wissenschaftlicher Programmierung und Bilddatenanalyse als
Forschungssoftwareentwickler/in / Postdoktorand/in (w/m/d) „Analyse von Calcium-Imaging-Daten und Weiterentwicklung eines Zebrafisch-Hirnatlas“
Research Software Engineer / Postdoctoral researcher (f/m/d) “Analysis of calcium imaging data and further development of a zebrafish brain atlas”
Die Stelle, mit Bezahlung TV-L E 13 (100%), ist befristet für zwei Jahre. Ihre Anstellung und Sozialleistungen richten sich nach dem Tarifvertrag für den öffentlichen Dienst der Länder (TV-L).
Ihre Aufgaben
1. Entwicklung und Pflege von Software-Tools zur Analyse großskaliger Calcium-Imaging-Datensätze
2. Weiterentwicklung und Erweiterung des offenen Zebrafisch-Gehirnatlas Z-BRAIN
3. Implementierung und Optimierung von Registrierungsalgorithmen, um anatomische und funktionelle Bilddaten zuverlässig auf den Atlas abzubilden
4. Entwicklung reproduzierbarer Datenanalyse-Pipelines in Python
5. Unterstützung der Arbeitsgruppe bei der Organisation und Analyse großer Imaging-Datensätze
6. Dokumentation und Veröffentlichung von Code als Open-Source-Software
Ihr Profil
7. Abgeschlossenes wissenschaftliches Hochschulstudium Studium (Master) in Bioinformatik, Informatik, Computational Neuroscience, Physik oder einem verwandten Fach;
8. Erfahrung im Umgang mit Z-BRAIN und Aufbereitung von Daten zur Einpflege in den Atlas
9. Sehr gute Programmierkenntnisse in Python;
10. Erfahrung mit wissenschaftlicher Bilddatenanalyse und großen Datensätzen;
11. Kenntnisse in Bildregistrierung, Machine Learning oder Computer Vision sind von Vorteil;
12. Interesse an neurobiologischen Fragestellungen und offenen wissenschaftlichen Softwareprojekten;
13. Fähigkeit, sowohl selbstständig als auch im interdisziplinären Team zu arbeiten.
Wir bieten
14. Mitarbeit an einem international sichtbaren Open-Science-Projekt für die Zebrafisch-Neurobiologie;
15. Zugang zu modernsten in vivo Imaging-Technologien und großen Datensätzen;
16. Ein interdisziplinäres Umfeld an der Schnittstelle von Neuroscience, Data Science und Softwareentwicklung;
17. Möglichkeiten zur Weiterentwicklung eigener Softwareprojekte und wissenschaftlicher Zusammenarbeit;
18. Ein internationales, kollaboratives Forschungsumfeld am Leibniz Institut für Neurobiologie in Magdeburg.
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