Fakultät III - Prozesswissenschaften, Institut für Biotechnologie / FG Bioanalytik
Wiss. Mitarbeiter*in (d/m/w) - 65 % Arbeitszeit - Entgeltgruppe 13 TV-L Berliner Hochschulen
Über uns
Diese Stelle ist Teil eines DFG-geförderten Projekts zur visuellen Proteomik von Mycoplasma pneumoniae unter Verwendung fortschrittlicher Photocrosslinking-Massenspektrometrie (crosslinking MS). Das Projekt zielt darauf ab, Protein-Protein-Interaktionen in situ abzubilden, diese Interaktionen im Kontext der zellulären Struktur zu interpretieren und ihre Relevanz für zelluläre Mechanismen, einschließlich jener, die von Antibiotika und anderen Protein-bindenden kleinen Molekülen beeinflusst werden, zu erforschen.
Ihre Aufgaben
1. In-cell Photocrosslinking mittels Reagenzien auf Diazirin-Basis durchführen, um native Protein-Interaktionen zu stabilisieren.
2. Probenvorbereitung im großen Maßstab für die proteomweite crosslinking MS durchführen, einschließlich mehrdimensionaler Fraktionierung (SEC, SCX, hSAX, RP).
3. Bei LC-MS/MS-Analysen unter Verwendung von Orbitrap- und Astral-Instrumentierung in Zusammenarbeit mit MS-Spezialisten im Team unterstützen.
4. Zur Analyse und Interpretation von Protein-Protein-Interaktionsnetzwerken mittels xiSEARCH / xiFDR beitragen.
5. An der integrativen strukturellen Modellierung (AlphaLink2) teilnehmen, welche crosslinking MS mit Struktur- und Bioinformatikdaten kombiniert.
6. Sich mit Forschungsfragen zu Proteinkomplexen, Protein-Wirkstoff-Interaktionen und zellulären Mechanismen, die für die mikrobielle Physiologie und die Antibiotikawirkung relevant sind, auseinandersetzen.
7. In einem interdisziplinären Umfeld an der Schnittstelle von Proteinbiochemie, Chemischer Biologie, Medizinischer Chemie, Analytischer Chemie und Strukturbiologie arbeiten.
Ihr Profil
8. Erfolgreich abgeschlossenes wissenschaftliches Hochschulstudium (Master, Diplom oder Äquivalent) in Medizinischer Chemie, Pharmazeutischen Wissenschaften, Biochemie, Biologischer Chemie, Chemie oder einer eng verwandten Fachrichtung.
9. Starke praktische Laborerfahrung in mindestens einem relevanten Bereich: Proteinbiochemie, Molekularbiologie, Analytische oder Physikalische Chemie oder Chromatographie.
10. Solides Verständnis instrumenteller analytischer Methoden, idealerweise einschließlich chromatographischer Trenn- oder spektrometrischer Detektionstechniken.
11. Hohe Motivation, crosslinking MS, fortgeschrittene LC-MS/MS-Workflows und integrative strukturbiologische Ansätze zu erlernen und anzuwenden (wünschenswert).
12. Starkes Interesse an molekularen Mechanismen, Proteinstruktur und den Interaktionen von Proteinen mit kleinen Molekülen oder therapeutischen Wirkstoffen, einschließlich Antibiotika (wünschenswert).
13. Fähigkeit zu selbstständigem Arbeiten mit ausgezeichneten organisatorischen Fähigkeiten, Genauigkeit und wissenschaftlicher Neugier (wünschenswert).
14. Sehr gute Kommunikations- und Teamfähigkeit (wünschenswert).
15. Ausgezeichnete Beherrschung der englischen Sprache in Wort und Schrift; Deutschkenntnisse sind von Vorteil.
16. Erfahrung mit Röntgenkristallographie oder Strukturanalyse-Tools (z. B. Chimera, PyMol) (wünschenswert)
17. Erfahrung in Peptidsynthese, Proteinprobenvorbereitung, enzymatischer Verdauung oder Peptidchromatographie (wünschenswert).
18. Hintergrund in Medizinischer Chemie, Pharmazie oder verwandten Bereichen, die protein- bindende kleine Moleküle oder Wirkmechanismen betreffen (wünschenswert).
19. Vertrautheit mit Datenanalysetools (z.B. Clustal Omega, Sequenzanalyse, strukturelle Visualisierung) (wünschenswert).
20. Interesse an interdisziplinärer Forschung, die Chemische Biologie, Strukturelle Proteomik und mikrobielle Systeme verbindet (wünschenswert).