Bioinformatik-ingenieur/in (w/m/d)

Das Forschungszentrum Borstel ist das Lungenzentrum in der Leibniz Gemeinschaft. Wir sind ein international agierendes, von Bund und Ländern finanziertes Wissenschaftsunternehmen. Wir betreiben umfangreiche Labor- und Forschungsinfrastrukturen. Akademisch sind wir mit den benachbarten Universitäten und klinisch mit dem Universitätsklinikum Schleswig-Holstein eng verbunden. Wir haben ein Ziel: Bestehende Methoden zur Erkennung, Vermeidung und Behandlung von Lungenerkrankungen zu verbessern und neue, innovative Therapieansätze zu entwickeln. Die Stelle ist in der Forschungsgruppe von Prof. Amelia E. Barber angesiedelt. Weitere Informationen zu den Forschungsaktivitäten der Gruppe finden Sie unter https://barber-lab.com.

Wir suchen eine/n

Bioinformatik-Ingenieur/in (w/m/d)

in Vollzeit. Die Stelle wird zunächst für 2 Jahre angeboten, mit der Aussicht auf eine Festanstellung.

IHRE AUFGABEN:

• Entwicklung und Pflege bioinformatischer Pipelines für die Analyse prokaryotischer und eukaryotischer Genome und Transkriptome sowie deren Einsatz zur Verarbeitung der von der Gruppe generierten Datensätze.
• Installation, Aktualisierung und Fehlerbehebung bei Bioinformatik-Tools auf dem HPC-System.
• Erstellung containerisierter, reproduzierbarer Umgebungen (Conda, Docker).
• Benutzersupport für Gruppenmitglieder und Fehlerbehebung bei Tool-Installationen, Datenbanken und Workflows.
• Verwaltung von Forschungsdaten, Organisation der Speicherung auf dem Cluster.
• Koordination mit dem IT-Team und Unterstützung bei der Wartung der Recheninfrastruktur.

IHRE KOMPETENZEN:

• Ein abgeschlossener Bachelor- oder Master-Abschluss in Bioinformatik oder einem eng verwandten Fachgebiet. Bewerber, die sich in der Endphase ihres Studiums befinden, können sich ebenfalls bewerben.
• Erfahrung mit Linux-basierten Rechen- und HPC-Umgebungen.
• Programmiererfahrung in Bash, Python, R und Workflow-Sprachen wie Snakemake oder Nextflow.
• Praktische Erfahrung in der Analyse von Next-Generation-Sequencing-Daten (WGS, RNAseq oder Amplicon-Seq) ist von großem Vorteil.
• Fähigkeit, selbstständig, verantwortungsbewusst und parallel an verschiedenen Projekten zu arbeiten und mit Wissenschaftlern im Labor zusammenzuarbeiten.
• Ausgezeichnete Kommunikationsfähigkeiten und Freude an der Teamarbeit in einer vielfältigen, internationalen Gruppe.
• Gute Englischkenntnisse in Wort und Schrift.

UNSER ANGEBOT:

• Arbeiten in einem renommierten Lungenforschungszentrum vor den Toren Hamburgs
• Vergütung bei Vorliegen der Voraussetzung nach EG 10 TVöD-VKA sowie aller im öffentlichen Dienst üblichen Leistungen
• Familienfreundliche Arbeitsbedingungen und flexible Arbeitszeiten
• Betriebliche Gesundheitsförderung, HanseFit, JobTicket