Was Sie bei uns tun
Entwicklung einer Datenanalysepipeline für bildgebende Massenspektrometrie: Erfassung der Lipidverteilung bei chronisch entzündlichen Darmerkrankungen
Dabei sollen sukzessive folgende Meilensteine erreicht werden:
* Import und Vorverarbeitung von MSI-Bildern (Normalisierung, Rauschunterdrückung, Hintergrundentfernung) sowie Rekonstruktion eines Durchlichtmikroskopiebildes unter Anwendung verschiedener Methoden der Dimensionsreduktion
* Bild-Koregistrierung mit hochauflösenden, hoch-plex Mikroskopiebildern (Multiple Epitope Ligand Cartography, MELC)
* Erkennung von Regionen von Interesse (ROI) und Instanzsegmentierung spezifischer anatomischer Strukturen unter Einsatz von Deep Learning-Tools
* Statistische Analyse zur Korrelation von ROIs mit der Abundanz von Lipidspezies sowie zur Identifikation potenzieller Entzündungsbiomarker
Was Sie mitbringen
* Fortgeschrittene Kenntnisse in Python oder R, sowie Erfahrung mit der Linux-Kommandozeile. Kenntnisse in Git sowie Nextflow, oder einer anderen Workflow-Sprache, sind von Vorteil (keine Voraussetzung).
* Ein hohes Maß an Eigeninitiative und Eigenverantwortung, Kreativität und Teamgeist
* Interesse, an einer wissenschaftlichen Publikation mitzuwirken
* Sehr gute Deutsch- und Englischkenntnisse
Was Sie erwarten können
* Motiviertes und interdisziplinäres Team
* Anwendung modernster Werkzeuge auf eine neue Klasse biomedizinischer Daten
* Translationale Forschung an der Schnittstelle zwischen Bioanalytik und Data Science
Wir wertschätzen und fördern die Vielfalt der Kompetenzen unserer Mitarbeitenden und begrüßen daher alle Bewerbungen – unabhängig von Alter, Geschlecht, Nationalität, ethnischer und sozialer Herkunft, Religion, Weltanschauung, Behinderung sowie sexueller Orientierung und Identität. Schwerbehinderte Menschen werden bei gleicher Eignung bevorzugt eingestellt.
Die wöchentliche Arbeitszeit beträgt 39 Stunden. Die Stelle ist zunächst auf 6 Monate befristet und kann auch in Teilzeit besetzt werden.
Mit ihrer Fokussierung auf zukunftsrelevante Schlüsseltechnologien sowie auf die Verwertung der Ergebnisse in Wirtschaft und Industrie spielt die Fraunhofer-Gesellschaft eine zentrale Rolle im Innovationsprozess. Als Wegweiser und Impulsgeber für innovative Entwicklungen und wissenschaftliche Exzellenz wirkt sie mit an der Gestaltung unserer Gesellschaft und unserer Zukunft.