Der Studiengang Master Bioinformatik gliedert sich in die Hauptgebiete „Informatik“, „Biowissenschaftlich orientierte Fächer“ und „Mathematik und ausgewählte Module der Theoretischen Informatik“, hinzu kommt das Abschlussmodul. Das Studium ist so konzipiert, dass die beiden ersten Hauptgebiete paritätisch von ihrem Gewicht, gemessen an den zu erbringenden Leistungspunkten, im Studiengang verankert sind. Innerhalb dieser beiden Hauptgebiete „Informatik“ und „Biowissenschaftlich orientierte Fächer“ bestehen weitere Untergliederungen. Die für das Studienziel maßgebendste besteht darin, dass in jedem dieser beiden Hauptgebiete Komplexe von Modulen bestehen, die das eigentliche Bild des Studienganges prägen. Das ist im Hauptgebiet „Informatik“ der Komplex „Bioinformatik“ und im Hauptgebiet „Biowissenschaftlich orientierte Fächer“ der Komplex „Module mit verstärkter Ausrichtung auf Bioinformatik“. Für diese beiden Komplexe ist eine Mindestzahl von jeweils 20 zu erwerbenden Leistungspunkten vorgeschrieben.